原料預處理包括固液分離、輔料粉碎以及對原料含水率、碳氮比、pH值的調整。好氧發酵環節包括翻拋、通風等措施，對原料起到補充氧氣、控制溫度、散發水分和恢復孔隙率的作用。制粒成型是一項系統工程，圍繞制粒成型這一核心，前有粉碎、配料、混合等工序，后有烘干、篩分、冷卻等工序。
原料預處理主要是制備滿足好氧發酵要求的發酵原料。其主要過程包括畜禽糞便的固液分離、輔料的粉碎和各種原料的混合配比。
固液分離設備
堆肥處理的原料是固體糞便。固體糞便的來源為干清糞和通過固液分離方法從“水泡糞”中分離出的固體物。要實現固液分離，應用最廣泛、分離效果最好的是機械分離。機械分離設備可分為篩分分離、離心分離、壓濾分離和螺旋擠壓分離4種類型。
1）篩分分離機械：用于畜禽糞便分離的篩分機械主要有斜板篩和振動篩。篩條截面形狀為楔形的斜板篩，用于糞便分離具有結構簡單、不堵塞等特點。但固體物質去除率較低，一般小于25%。
2）離心分離機械：用于畜禽糞便的離心固液分離機主要有過濾離心機和臥式螺旋離心機。離心分離機的優點是分離速度快、分離效率高；缺點是投資大，結構復雜、能耗高。
3）壓濾分離機械：壓濾機具有處理能力大、操作管理簡便、濾餅含水率低、無振動、無噪聲、能耗低等優點。由于其是利用濾帶使固液分離，為防止濾帶堵塞，需高壓水不斷沖刷，增加污水處理量，成本高。
4）螺旋擠壓分離機械：螺旋擠壓分離機是一種相對較為新型的固液分離設備，是目前畜禽糞便固液分離應用最廣的一種設備。其缺陷為在分離前需將原糞水用攪拌器攪拌均勻，從而使糞水中大量的固態有機物溶解在水中，使得廢水的后處理變得異常困難，最終處理出水難以達到排放標準。針對現有存在的一些不足，可研究設計新型固液分離機，完善分離機構，防止糞液直接沖入分離系統，增強篩網的防堵性，極大提高設備的工作效率和分離成效，降低固體含水率。
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